Japón sufre de manera constante el ataque de monstruos de diversas formas y tamaños llamados KAIJU, que caos y destrucción por donde sea que pasan. A causa de esto existe el Cuerpo de Defensa, un comando que se encarga de eliminar a estos seres y así evitar la destrucción de las ciudades, Y los Monster Sweeper, un servicio de limpieza que se encargan de deshacerse de los restos de los Kaiju derrotados por los primeros.

Kafka Hibino es un hombre de 32 años que desde niño soñaba, junto con su amiga de la infancia, con formar parte del Cuerpo de Defensa, pero viendo que esta posibilida es algo imposible para él, se unió a los Monster Sweepers y trabaja como limpiador. Su vida dará un vuelco cuando conozca a Reno Ichikawa, un nuevo compañero de trabajo que ingresa a los Sweepers para ganar experiencia con los Kaiju y luego poder ingresar al Cuerpo de Defensa.

Motivado por su compañeros, Kafka retoma su sueño de niñez, pero tras ser atacados por un Kaiju, ambos terminan hospitalizados. Durante su estadía en el hospital, Kafka es invadido por un pequeño monstruo volador que ingresa por su boca y que le dará la posibilidad de convertirse en uno de ellos. Ahora Kafka (conocido como el KAIJU Nº 8 ) deberá evitar revelar su identidad mientras enfrenta las nuevas amenazas que ponen en peligro a Japón.