Mil años atrás, los Gauna destruyeron el Sistema Solar, y la humanidad encontró su última esperanza a bordo de Sidonia, una gigantesca nave de transporte que viaja por el espacio sembrando semillas de supervivencia. Hoy, Nagate y parte de la tripulación finalmente arribaron en Lem. En dicha estrella deberán colocar un sistema de conversión semiautónomo en su superficie. Aunque la misión parece sencilla, se volverá sumamente peligrosa...